Американские ученые нашли способ делать анализ ДНК на мутации / фото REUTERS
Это может помочь в обнаружении биомаркеров для таких заболеваний, как болезнь Альцгеймера или рак.
Ученые из американской компании-производителя графических процессоров Nvidia и Гарварда разработали набор инструментов машинного обучения под названием AtacWorks, который способен значительно сократить время и расходы, необходимые для проведения редких одноклеточных экспериментов.
Как сообщает издание Engadget это позволит быстрее выявлять в геноме мутации, которые могут привести к ряду заболеваний.
Согласно исследованию в Nature Communications, набор инструментов AtacWorks может провести анализ целого генома (процесс, который обычно длится чуть более двух дней) всего за полчаса. Это можно реализовать благодаря графическим процессорам Nvidia Tensor Core.
Читайте такжеBBC: Ученые нашли в ДНК причины, почему одни люди погибают от COVID-19, а другие болеют без симптомов
AtacWorks работает с ATAC-seq – устоявшимся методом, который предназначен для поиска открытых участков в геноме здоровых и больных клеток. Эти «открытые участки» – это частицы ДНК человека, которые используются для определения и активации определенных функций (например, в клетках печени, крови или кожи). Эта часть генома человека может дать ученым указания на то, есть ли у человека склонность заболеть болезнью Альцгеймера, сердца или рак.
ATAC-seq обычно требует анализа десятков тысяч клеток, но AtacWorks способен получать одни и те же результаты с использованием только одного десятка. Исследователи также применили AtacWorks к набору стволовых клеток, производящие эритроциты, и белые кровяные клетки. Эти подтипы обычно нельзя изучить традиционными методами. Благодаря AtacWorks им удалось идентифицировать отдельные части ДНК, связанные с белыми и красными кровяными клетками.
Отмечается, что возможность анализировать геном быстрее и дешевле поможет в определении конкретных мутаций или биомаркеров, которые могут привести к определенным заболеваниям. Это может даже помочь в изготовлении лекарств, потому что позволит исследователям выяснить, как функционирует болезнь.